Ο Νικόλαος Μαργιωρής γεννήθηκε στις 15 Δεκεμβρίου 1913 στη Σάμο στο χωριό Βουρλιώτες και στη συνέχεια μετοίκησε με τους συγγενείς του στην Αλεξάνδρεια της Αιγύπτου όπου και σπούδασε και σταδιοδρόμησε.
Δάσκαλοί του υπήρξαν, ο μυστικιστής Κρίνο Αντρέ Σαλβατόρε Ντε Κάστρο, Έλληνας από την Οδησσό της Ρωσίας, μουσουργός και συνθέτης, από πατέρα Κερκυραίο και μητέρα Ουγγαρέζα συγγενή του μεγάλου μουσουργού Λίστ, καθώς και ο Ινδός Μπάμπα (ο οποίος δεν σχετίζεται με τον Σάτια Σάι Μπάμπα).
Σε νεαρή ηλικία πήγε στην Ινδία και στο Θιβέτ όπου μυήθηκε στα συστήματα της Γιόγκα και στα μυστήρια της Ανατολικής Φιλοσοφίας. Εκεί εκπαιδεύτηκε στον αρχαίο Βραχμανισμό, στις Βέδες και στις Ουπανισάδες του Ινδουισμού, στη Raja (Ράτζα), στην Gnani (Γκνάνι), στην Karma Κάρμα, στην Bhakti (Μπάκτι), στην Kriya (Κρίγια) και σε άλλες yoga.
Επίσης, είχε εσωτερικές επαφές με πολλούς μεγάλους Δασκάλους, ιδιαίτερα με την Έλενα Πετρόβνα Μπλαβάτσκυ με την οποία συνομιλούσε συχνά και την αποκαλούσε «μάνα του».
Στην Αλεξάνδρεια όπου ζούσε, ο νεαρός Διδάσκαλος δίδασκε την εσωτερική αλήθεια σε πνευματικούς κύκλους της πόλης. Σπούδασε αρχαιολόγος και μιλούσε Αγγλικά, Γαλλικά, Αραβικά και Εβραϊκά, ενώ γνώριζε άριστα Σανσκριτικά και την Ιερογλυφική γραφή.
Ως Έλληνας ορθόδοξος προσπάθησε επίσης να εξερευνήσει τους δεσμούς του ορθόδοξου κινήματος του μοναχισμού και του μυστικισμού στις ερήμους της Αιγύπτου του 3ου και 4ου αιώνα μ. Χ., με την ανατολική μεταφυσική φιλοσοφία. Ο μακαριστός Πατριάρχης Αλεξάνδρειας Χριστόφορος ο Β΄ τον καθοδήγησε στις φιλοσοφικές αυτές αναζητήσεις, επιτρέποντάς του να δουλέψει για χρόνια στις ορθόδοξες βιβλιοθήκες του Πατριαρχείου Αλεξάνδρειας και της Μονής της Αγίας Αικατερίνης στην έρημο Σινά. Για την προσφορά του στην Εκκλησία και στο Πατριαρχείο Αλεξάνδρειας και πάσης Αφρικής του απένειμε τον σταυρό του Αγίου Μάρκου. Το ίδιο συνέβη και με τον μεταγενέστερο μακαριστό Πατριάρχη Νικόλαο τον Στ΄.
Έλαβε μέρος στο Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο ως εθελοντής έφεδρος αξιωματικός, όπου τραυματίστηκε σοβαρά στο Ελ Αλαμέιν και στο Ρίμινι. Για τις υπηρεσίες του προς την πατρίδα τιμήθηκε με πολλά παράσημα.
Παντρεύτηκε τη Λαΐδα Παπανδρέου με την οποία απέκτησε δύο παιδιά, τον Ανδρέα και την Κάλλια. Το 1958 εγκατέλειψε την Αίγυπτο και μαζί με την οικογένεια του ήρθε στην Αθήνα ξεκινώντας μια νέα ζωή. Αγωνίστηκε εργαζόμενος, για να συντηρήσει την πολυμελή οικογένειά του, παράλληλα όμως δίδασκε την εσωτερική αλήθεια σε διάφορους πνευματικούς χώρους. Ισχυριζόταν ότι «όπου πέφτει ο προβολέας του Εσωτερισμού έρχεται η δικαιοσύνη, η ειρήνη και η ευλογία του Θεού».
Θεωρούσε τη Μεταφυσική σαν τη μοναδική Αλήθεια και πίστευε πως είναι δυνατόν ο άνθρωπος να πραγματώσει την Αλήθεια, όπως την πραγμάτωνε ο Σωκράτης με τον περίφημο στοχασμό του (συγκέντρωση/διαλογισμό/ντυάνα) ή μέσω του θρησκευτικού μυστικισμού (Χριστοκεντρικού μυστικισμού ή Μπάκτι Γιόγκα).
Η διδασκαλία του Νικολάου Α. Μαργιωρή συνίσταται στην αρμονική συνύπαρξη των αρχαίων ελληνικών, αιγυπτιακών και ινδικών φιλοσοφικών θεωρήσεων, με την εσώτερη χριστιανική παράδοση μέσα από το φίλτρο της προσωπικής πραγμάτωσής του.
Το 1972 ίδρυσε το Σωματείο «Ευσεβείς Προσκυνητές του Ακτίστου Φωτός – O Άγιος Πατάπιος». Το 1976 ίδρυσε την πνευματική Σχολή Μεταφυσικής Φιλοσοφίας και Γιόγκα «ΟΜΑΚΟΕΙΟ ΑΘΗΝΩΝ». Σε αυτήν δίδαξε μεταξύ άλλων την Εσωτερική Φιλοσοφία, την μέθοδο ανύψωσης του νου στην υπερσυνείδηση (Raja Yoga), την ψυχοσωματική αγωγή (Kriya Yoga), την Αρχαιοελληνική Ασκληπιακή θεραπευτική, την Εσωτερική και Εναλλακτική θεραπευτική μέθοδο N.A.M, κ.α.
Από το 1970 άρχισε την συγγραφική του δραστηριότητα, η οποία περιλαμβάνει συνολικά 33 τίτλους βιβλίων, 33 τίτλους μελετών και 7 κλάδους της Μεταφυσικής Επιστήμης με έντυπα μαθήματα, υπό τον γενικό τίτλο «Εσωτερικό Κλειδί». Επίσης, εξέδωσε 48 τεύχη του φιλοσοφικού και μεταφυσικού περιοδικού «ΟΜΑΚΟΕΙΟ». Όλο το συγγραφικό του έργο διατίθεται από το ΟΜΑΚΟΕΙΟ ΑΘΗΝΩΝ.
Στις 6 Μαΐου του 1993, στη μεγάλη πανσέληνο των Μυστών, η ψυχή του αναχώρησε για τα Ηλύσια Πεδία, αφήνοντας πίσω πλούσιο πνευματικό έργο και έναν πυρήνα μαθητών για την συνέχιση του έργου του. Θέλησε να προσφέρει στον σημερινό άνθρωπο ένα ασφαλές και ταχύ σύστημα εσωτερικής καλλιέργειας και πνευματικής ανάπτυξης, το οποίο ενώνει όλες τις παρακαταθήκες των μεγαλύτερων πνευματικών ταγών της ανθρωπότητας. Οραματίστηκε πως το ΟΜΑΚΟΕΙΟ ΑΘΗΝΩΝ θα γίνει φυτώριο υγιών Εσωτεριστών και οι μαθητές του θα αξιωθούν να γίνουν δάσκαλοι-οδηγοί της νέας γενιάς.
Σήμερα το ΟΜΑΚΟΕΙΟ ΑΘΗΝΩΝ συνεχίζει τη λειτουργία του υπό τη διεύθυνση της Σμάρως Κοσμάογλου, μαθήτριας και συνεργάτιδας του Νικολάου Α. Μαργιωρή, όπου εφαρμόζονται οι διδασκαλίες του, όπως εκείνος τις διαμόρφωσε για τον σύγχρονο άνθρωπο.